清朝的地方行政制度实行的是督抚制。当时全国划分为23个省，一般情况每个省设一名巡抚，也有例外的，为主管一省民政的最高长官。总督权力比巡抚大，但与巡抚之间没有直接的隶属关系，总督和巡抚都是对上直接听命于皇帝。
不同的是，巡抚只管一省，侧重民政，总督可以管辖数省，侧重军事，漕运河道，当时清朝全国大部分时期设八大总督，分别为直隶、两江、闽浙、两湖（湖广）、陕甘、两广、云贵、四川总督。清朝中后期，总督之中最为重要为，两江总督，当时为管辖江南省、江西省，按现在对应即为，江苏、安徽、江西三省与上海市。
总督和巡抚合称“督抚”，都是从明朝开始设置的。那时，政府派大臣处置地方军政事务，有两种头衔，全称分别是“总督某地等处地方提督军务粮饷兼巡抚事”和“巡抚某地等处地方提督军务兼理粮饷”，前者就是总督，后者就是巡抚，都属于临时性质事罢还朝。
比如最为重要的封疆大吏： 两江总督
朝廷正式官衔是：总督两江等处地方、提督军务、兼理粮饷、操江、统辖南河事务。
清朝时，正式以督抚为地方最高长官。总督管辖一省或二三省，冶理辖区内的军民要政。巡抚是省级地方长官，总揽一省的军事、吏治、刑狱等事。鸦片战争前，清朝全国有八总督。总督为：直隶、两江、闽浙、湖广、陕甘、两广、云贵、四川总督。
东北奉天、吉林、黑龙江三省的“东三省总督"
一直到公元1906年才设置。
直隶、四川两省只设总督，不设巡抚。
甘肃巡抚于1754年撤去，由陕甘总督兼任。
公元1884年，建新疆省，开始设甘肃新疆巡抚，驻乌鲁木齐。
公元1885年，台湾建省，改福建巡抚为台湾巡抚，驻台北，福建巡抚由闽浙总督兼任。其余各省则督抚并置。总督的官品高于巡抚。
